En ITEP, l’éducateur est le référent du projet personnalisé individuel. Il est la courroie de transmission entre les différents intervenants et l’enfant. Il a pour mission la mise en place et la réalisation du projet du jeune dont il est référent. Il centralise les informations, prépare et rédige les synthèses, effectue le suivi à l’extérieur lors de stages, auprès des collèges, ou autres institutions travaillant avec le jeune ; il accompagne l’enfant dans les réunions avec la famille et l’assistante sociale.
L’éducateur est pour le jeune un repère, un accompagnant à la vie professionnel, à la vie d’adulte en général.
Ce sont les difficultés psychologiques qui constituent le premier élément d'indication pour une orientation vers un ITEP. Leur intensité et leur caractère durable en constituent des éléments essentiels lorsque les manifestations perturbent la scolarisation et la socialisation, qu'elles s'expriment sur un mode d'extériorisation ou de retrait, et ne sont pas d'ordre passager, circonstanciel ou réactionnel. Il s'agit de symptômes liés à des difficultés psychologiques qui perdurent. Les jeunes relevant d'ITEP se trouvent, malgré des potentialités intellectuelles préservées, engagés dans un processus handicapant pouvant compromettre à terme leur participation sociale.
Ce processus handicapant requiert des moyens thérapeutiques, éducatifs et pédagogiques conjugués. Sous égide institutionnelle, un accompagnement personnalisé contribue à restaurer les compétences et potentialités des jeunes concernés, à rétablir leurs liens avec l'environnement social. Cette approche interdisciplinaire à visée soignante, avec personnalisation des propositions d'intervention, constitue une des principales spécificités des ITEP. D'une façon générale, les ITEP ne sont pas appropriés pour des enfants et adolescents présentant des troubles de type autistiques, des troubles psychotiques prédominants ou des déficiences intellectuelles .Les ITEP développent nécessairement des coopérations avec l'Éducation nationale et la pédopsychiatrie. Des ponts peuvent aussi être créés avec la protection de l'enfance, ou la protection judiciaire de la jeunesse.